Восстанавливайте слегка повреждённые PDF локально — с пересборкой структуры и проверкой результата до скачивания.
Можно задать имя итогового файла.
Аккуратная чистка байтов вокруг заголовка PDF и маркера EOF.
Пересборка таблиц перекрёстных ссылок через свежее сохранение PDF.
Проверка читаемости вывода до скачивания.